ecoNatura se constituyó como compañía consultora independiente al servicio de la ordenación del territorio en España en el año 1993, como iniciativa empresarial de un grupo de profesionales de la ingeniería de los recursos naturales a raíz del desmantelamiento de la Empresa Nacional ADARO de Investigaciones Mineras perteneciente al Grupo de Empresas del antiguo Instituto Nacional de Industria de España.
Desde su creación, ecoNatura colabora con las Administraciones Públicas y la empresa privada en el desarrollo económico y la modernización tecnológica de los países ubicados dentro de su ámbito de actuación, consolidando su posición como empresa especializada en el campo de la gestión territorial y de la economía de los recursos naturales.
La presencia en el exterior se inicia en el año 1997 y desde entonces el desarrollo internacional ha aumentado hasta consolidar la presencia de ecoNatura en numerosos países, con especial atención al ámbito latinoamericano, a través de proyectos financiados por la Unión Europea, la AECID, el BID y el Banco Mundial.
A lo largo de sus más de 15 años, la compañía ha ido incorporando a su estructura diversos profesionales y nueva tecnología que le permite enfocar los trabajos desde una perspectiva multidisciplinar e innovadora, buscando siempre la mejor solución a las necesidades del cliente.
La organización de ecoNatura está formada por diferentes áreas, de la que la División de Tecnologías de la Información Geográfica destaca de forma singular, dado que supone la base de desarrollo y gestión del resto de las áreas de actuación de la compañía.